小智一行人抵達了小光預備參加神奇寶貝華麗大賽的白楊鎮(zhèn)，在那里他們認識了駕駛熱氣球的女子艾莉絲、其青梅竹馬東尼歐，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵認定隱居于城鎮(zhèn)庭園中的黑暗神奇寶貝-達克萊伊是近日來破壞城鎮(zhèn)的元兇，并準備討伐它。然而東尼歐的想法卻不同，他偵測到在白楊鎮(zhèn)的上方有一股異常的沖擊波，而那正是傳說中分別掌控時間的帝牙盧卡，與空間的帕路奇犽這兩大神奇寶貝在次元之夾縫中大戰(zhàn)所造成；而達克萊伊的攻擊并是為了讓它們遠離這座城鎮(zhèn)。隨著兩大神的爭斗越來越激烈，終于在白楊鎮(zhèn)的名景“時空之塔”的上方產生了空間裂縫，兩大神的爭斗場所于是轉移到了白楊鎮(zhèn)。小智他們該如何阻止這場危機？而眾人對達克萊伊的誤解又會如何化解？激烈的時空對決即將展開！
