時值龍騰世紀，大地處于一種神秘而陰森的氛圍之中。安卓絲蒂教會是當時萬眾信仰的歸屬，為了阻止邪惡自私的血魔法師濫用魔法，危害人間，教會嚴格禁止人民是用魔法，更組建了圣殿騎士負責追查澧清各種可以分子。在這一過程中，腐敗罪惡不斷滋長，世界愈加黑暗。十年集會將至，信眾從四面八方趕到奧萊桑帝國。在此重要時刻，血魔法師蠢蠢欲動，醞釀著更大的陰謀。
　　拜倫所率領(lǐng)的圣殿騎士展開更為縝密的追查，而屠龍一族的女子卡珊德拉也參與其中。陰謀、罪惡混雜其中，拜倫發(fā)現(xiàn)，即使來自身邊的人也變得不那么可靠，這群忠心耿耿、勇猛無敵的騎士面臨前所未有的挑戰(zhàn)……

　　小禽龍阿拉達生活在白堊紀晚期，他自小就生活在一個桃花園般的小島上。由一群狐猴撫養(yǎng)長大大的阿拉達從來就沒有見過自己的同類，與他的狐猴朋友一直無憂無慮的生活在一起。一場不期而至的流星雨將阿拉達所在的小島擊毀了，阿拉達和他的狐猴朋友一起逃難來到了大陸。這時，因為大氣變熱，水源供給越來越緊張，阿拉達他們遇上了一群正在遷徙尋找新的棲身之地的恐龍并加入了他們。于是，阿拉達和同伴們一起開始了這次異常艱難的遷徙之旅。

　　位于東京的東都線地鐵開通當日，一起針對東京都知事朝倉優(yōu)一郎的炸彈襲擊事件爆發(fā)，導致東都線列車損毀。經(jīng)過一番推理，柯南（高山みなみ 配音）等人認定這與8年前朝倉主持負責的北之澤水壩的修建有關(guān)。當年為了修建大壩，朝倉動員北之澤村的人民搬入新村，可是仍有許多人反抗到最后階段。為了探明真相，柯南、灰原（林原めぐみ 配音）、少年偵探團以及毛利小五郎（小山力也 配音）等人開赴白雪皚皚的北之澤。在這片純凈的雪國，少年們盡情玩耍，與此同時他們也遇到了幾名原北之澤村的村民，山尾溪介、遠野瑞希、立原冬美等人。他們是從小一起長大的好朋友，而彼此之間似乎又有著某種芥蒂和秘密。真相究竟如何……
　　本片為《名偵探柯南》第15部劇場版。

　　柯南和小五郎等拉著大隊，來到位于太平洋中的美麗小島“神海島”渡假。這座島嶼自古已有流傳，大概有關(guān)沉沒于海底的古代遺跡“海底宮殿”，及300年前兩名女海盜遺留下來的寶藏傳說。小蘭和園子不懼流傳，在“海底宮殿”附近潛水時，意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人，不料其中一人突然遭鯊魚攻擊，不幸身亡！小蘭和園子幸運逃難，柯南見那位獵人死狀詭異，與灰原一起展開調(diào)查。
　　柯南認為獵人之死，跟寶藏傳說有著莫大關(guān)系，他試圖解開背后原因，“海底宮殿”的謎題一直系繞在他的腦海中。他找到了一組神秘名詞“Jolly Roger(海盜旗)”后，滿以為有所起色，獵人卻突然現(xiàn)身，并偷走了原來發(fā)現(xiàn)的寶藏！小蘭和園子落在獵人的魔掌之中，性命危在旦夕！隱藏于傳說中的訊息是什么？“海底宮殿”有什么秘密？穿越300年時光的暗號，柯南誓要逐步解開迷題

　　一天毛利小五郎收到一張請?zhí)?，里面是謎樣男子的委托，需要前往橫濱的一個游樂場。小五郎和柯南一行人快樂地到達歡樂的游樂場，還帶上了可以出入無阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有帶上手表的人不得離開游樂場，否則便會發(fā)生爆炸。從現(xiàn)在開始到晚上十點，柯南和小五郎如果不能解開謎題，蘭和少年偵探團也會隨著游樂園粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接稱呼柯南為工藤新一。

　　日本著名造船公司八代商船設(shè)計制造了旗下第一艘豪華郵輪愛芙羅黛諦號，為慶祝該郵輪的處女航，八代商船邀請各界名流參加，上到首相下到富豪悉數(shù)前來。鈴木園子的父母也接到邀請，因行程安排鈴木夫婦無法出席，園子于是邀請、毛利小五郎、小蘭、柯南等一眾好友同行。藍天白云，美酒佳肴，眾人無不陶醉于這美好的假期之中。
　　但是，這注定是一次不尋常的航行。先是園子突然遭人綁架，接著八代商船的女社長貴江被人殺害，與此同時董事長八代延太郎也從船上神秘失蹤。此前不久，貴江的丈夫八代英人駕車時突發(fā)心臟病沖下山崖。這一連串死亡、失蹤案件似乎都與15年前八代商船的沉船事故有關(guān)。在層層推理調(diào)查之下，隱藏的秘密漸漸浮出水面……

　　知名舞臺劇女演員牧樹里這日收到怪盜基德的預(yù)告信：在26個字母的盤旋飛舞中，他來拜領(lǐng)無價的“命運的寶石”。毛利小五郎受到牧樹里委托將信件分析，認為基德將在演出最后一晚前來盜取寶石，當晚他及柯南、小蘭等人來到劇場，那里早有諸多警察守候。
　　令柯南吃驚的是，基德竟扮成工藤新一出現(xiàn)在眾人面前，但他及眾人方向不同的緊張過后，寶石并沒被盜，柯南醒悟字母預(yù)告信與航班相關(guān)。而柯南、小蘭、牧樹里及其同事搭乘的前往北海道的飛機上，尚有一起殺人計劃正被精心設(shè)計。

　　這日柯南、小蘭一行人來到米花市市政大廳，一場有關(guān)最新游戲“繭”的發(fā)布會正在這里召開。由于迥異于以往任何一款游戲的“繭”可能一舉改變?nèi)蛴螒驑I(yè)界的價值觀，發(fā)布會吸引了代表日本上流社會的政治、財經(jīng)、演藝界人士，50名游戲體驗者也多是他們的后代，新一的父親、推理小說大師工藤優(yōu)作由于參與故事編寫，也來到現(xiàn)場。這邊熱熱鬧鬧，游戲的研發(fā)者兼負責人堅村卻被殺于地下室。堅村死前留在鍵盤J、T、R上的血跡令柯南想到答案可能在游戲中，他利用優(yōu)作的關(guān)系加入了體驗者隊伍，小蘭、灰原哀等人也拿到了體驗入場券。
　　50名體驗者剛分別進入一個外型酷似蠶繭的“大型膠囊”，游戲即被自稱“諾亞方舟”的人工智能控制，“諾亞方舟”稱游戲?qū)⑻峁?個完全真實的歷史場景，體驗者可選擇其中之一進入，被淘汰會進入休眠狀態(tài)，若最后無人走到終點，他們的大腦組織皆會被摧毀，此舉是為令日本社會重生?？履弦恍屑皫讉€驕橫無禮的上流社會公子哥進入的是19世紀倫敦的貝克街，那里殺人犯開膛手杰克正在興風作浪，他身上正有柯南要找的答案！而優(yōu)作也在現(xiàn)實中正對案件展開調(diào)查。

　　柯南在街頭目睹一名正打電話的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊。不久又有警察手拿警察手冊被人射殺于地下車庫。對于這兩起案件，目暮警官等人一反常態(tài)不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進一步追問，白鳥警官只答一句“Need not to know”。該話是警察之間所用的密語，意味這兩起殺人事件與警察內(nèi)部人士有關(guān)。
　　柯南、小蘭等人參加白鳥妹妹的婚宴，電突然間停掉，那刻小蘭正與女警佐藤在洗手間。小蘭拿起身邊的手電筒欲照明時，一顆子彈射進佐藤身體，小蘭嚇昏過去。次日小蘭醒來，卻因怪責自己害佐藤挨槍失去記憶。目暮見事態(tài)越來越嚴重，將秘密說出，原來死去的兩名警察正與佐藤一起重查一樁有關(guān)醫(yī)生仁野自殺的案件，該案涉及到警察局長的公子。將局長公子假定為嫌疑人之一時，柯南亦想到佐藤被射殺后宴會上少掉的兩個人。

　　小蘭的朋友原子家鈴木財團準備展出他們家珍藏的沙皇尼古拉二世家的寶物——回憶之卵，回憶之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍貴照片，由此特別珍貴。豈料在展出之前，卻收到了怪盜基德的通知函，上面用迷語的方式列明他盜寶的時間。原子找到小蘭的爸爸名偵探毛利小五郎幫忙，當然，真正的幕后高手柯南也會和小蘭一起前來?？履嫌龅搅送瑸閭商降姆科酱?，兩人決定一起聯(lián)手解開怪盜基德之謎！

　　目暮警官、小蘭的母親妃英里、阿笠博士接連遭到不明身份之人的暗算?？履献粉檪ΠⅢ也┦康膬词?，他根據(jù)幾起案件現(xiàn)場留下的線索發(fā)現(xiàn)兇手按照撲克牌的順序行兇，而且遇害者皆與毛利小五郎有關(guān)。目暮提供的線索初步揭開事情的真相，原來毛利當年任職警察的時候曾經(jīng)逮捕犯下殺人罪的賭徒村上丈，當年也更因這一事件導致毛利離職以及婚姻變故。
　　十年后，服刑期滿的村上丈出獄，開始按照撲克牌的順序向毛利身邊之人展開報復(fù)。在得知原委后，毛利努力尋找身邊與數(shù)字有關(guān)的人。在這一過程中，各種驚險場面接連出現(xiàn)。而柯南也對案件的真相產(chǎn)生疑惑……