該片講述的是《鐵膽火車俠》幾年之后的故事，部分人物的聲優(yōu)有變更?；九c《鐵膽火車俠》一樣是面向小學生的作品。前作的主人公哲雪在故事的最后幾集登場。
　　鐵膽火車俠與黑魔頭兩軍離開數(shù)年后。由于黑魔頭軍再沒有入侵地球的事被判明，JHR基地 面臨著被封閉的命運。不過現(xiàn)在，黑魔頭軍又再度襲來。他們的目的是為了帶給人類不幸，并利用人類小學生圣橋健太來協(xié)助他們做壞事。期間健太誤入了500系新干線所行使的鐵軌上而快要被火車撞到。就在這時，光能量從宇宙飛來并與500系新干線合體，鐵膽火車俠Lightning West變形！鐵膽火車俠與黑魔頭軍的戰(zhàn)斗又再度展開了。

　　在遙遠宇宙的最深處，有一顆名為塞博坦的星球。數(shù)千萬年前，一種高級智慧生命體為了某種目的開發(fā)出軍用和民用兩種機器人，但是隨著各種事件的發(fā)生和機器人不斷進化，機器人最終取得獨立和自由。他們分別稱作狂派（霸天虎）和博派（汽車人），雙方為了爭奪塞博坦的統(tǒng)治展開曠日持久且不斷升級的戰(zhàn)爭。時至今日，能源枯竭的塞博坦迫使博派向外尋求能量，而狂派尾隨而至，雙方最終來到了地球。自此以后，雙方在擎天柱和威震天的率領下，以地球為據(jù)點展開新一輪的較量。神乎其神的變形能力，不斷得到開發(fā)的新型戰(zhàn)士，以及彼此全力爭奪的能量塊。宏偉的變形金剛故事緩緩拉開大幕……
　　本片為孩之寶公司為配合相應的玩具銷售而制作的經(jīng)典系列動畫。