迷你特工隊成功防御住了怪誕博士的攻擊，為了應(yīng)對今后的強(qiáng)敵，他們開發(fā)出了全新的超級恐龍機(jī)甲！真正的反派頭領(lǐng)鬼面大王重新賦予怪誕博士更加強(qiáng)大的力量，但是怪誕博士還是屢戰(zhàn)屢敗。鬼面大王終于無法容忍怪誕博士的失敗，派遣了新的手下——狂野博士。大敵當(dāng)前，迷你特工隊迅速補(bǔ)充了新的隊員——麗娜。面對不斷變強(qiáng)的敵人，包括麗娜在內(nèi)的六名隊員通過共同合作、運(yùn)用智慧與勇氣，最終擊退一個又一個強(qiáng)敵，保護(hù)了人類和地球。
