上世紀初，猖獗的香港海盜屢屢劫持商船，考慮到各國商家的投資信心會因此減少，繼爾香港國際貿(mào)易中心的地位可能會不保，當局改編水師，成立了一支特警小隊負責(zé)海上治安。 　　隊長馬如龍（成龍）執(zhí)行公務(wù)時遭人陷害，憤而辭職。海盜頭目羅三炮（狄威）抓走官兵家眷做人質(zhì)，當局決定利用內(nèi)線周永齡從中調(diào)停。因為早知周永齡與海盜勾結(jié)，馬如龍自告奮勇拯救人質(zhì)，他重組水師，制定了A計劃，期望通過與上司洪天賜（元彪）及好兄弟卓一飛（洪金寶）作里應(yīng)外合，將海盜一網(wǎng)打盡。

警官黃偉（梁家輝 飾）被借調(diào)調(diào)查一件涉及警員犯罪的案子，為搜集證據(jù)，黃偉犯險入獄?；馃龒u典獄長（柯俊雄 飾）治下的監(jiān)獄充斥著暴力、不公，以及制度化的犯人毆斗。黃偉很快在獄中結(jié)識了室友小朱（庹宗華 飾）和因思念兒子多次越獄的劉世杰（洪金寶 飾），并經(jīng)歷了幫派人物大林（高捷 飾）的入獄洗禮。臺球選手大錘（成龍 飾）因誤殺幫派大哥鋼珠（劉德華 飾）之弟入獄，大林受命向大錘復(fù)仇，此事被獄中大哥桂老大（王羽 飾）調(diào)解。黃偉、大錘等四人被典獄長吸收進入“清風(fēng)隊”，在執(zhí)行暗殺任務(wù)的過程中，黃偉意外的發(fā)現(xiàn)了自己追查多時的幕后真兇。

警官黃偉（梁家輝 飾）被借調(diào)調(diào)查一件涉及警員犯罪的案子，為搜集證據(jù)，黃偉犯險入獄。火燒島典獄長（柯俊雄 飾）治下的監(jiān)獄充斥著暴力、不公，以及制度化的犯人毆斗。黃偉很快在獄中結(jié)識了室友小朱（庹宗華 飾）和因思念兒子多次越獄的劉世杰（洪金寶 飾），并經(jīng)歷了幫派人物大林（高捷 飾）的入獄洗禮。臺球選手大錘（成龍 飾）因誤殺幫派大哥鋼珠（劉德華 飾）之弟入獄，大林受命向大錘復(fù)仇，此事被獄中大哥桂老大（王羽 飾）調(diào)解。黃偉、大錘等四人被典獄長吸收進入“清風(fēng)隊”，在執(zhí)行暗殺任務(wù)的過程中，黃偉意外的發(fā)現(xiàn)了自己追查多時的幕后真兇。

隱居深山老林的蒲松齡（成龍 飾）不僅是一名文采飛揚的文學(xué)家，更是一個身懷絕技的捉妖高手。在某次珠寶盜竊案中，蒲松齡和金華縣菜鳥捕快嚴飛（林柏宏 飾）結(jié)識。在此之后，被衙門提出來的嚴飛找上山來，死乞白賴要拜蒲松齡為師。適值此時，金華縣初縣令（潘長江 飾）的獨女被女妖聶小倩（鐘楚曦 飾）攝走，中途雖有法師寧采臣（阮經(jīng)天 飾）阻攔，但是小姐卻下落不明。得知此訊，蒲松齡帶著嚴飛和一眾早已收伏的小妖下山捉妖，結(jié)果遭遇小倩的姐姐鏡妖（林鵬 飾）阻撓。 　　一番混戰(zhàn)過后，雖然鏡妖被除，但是寧采臣和聶小倩之間仍有一段宿緣未了……

金剛（許冠杰 飾）與光頭佬（麥嘉 飾）在一次泰國的任務(wù)中不歡而散，自此分道揚鑣各奔前程……時間一晃三年，國寶兵馬俑與秦皇寶劍在赴港展出的路上被白手套一伙施調(diào)包計竊走，自稱“新最佳拍檔”的飛賊姐弟（利智&張國榮 飾）再由白手套手中奪走寶劍，并高調(diào)登報嫁禍于最佳拍檔。一時間，大陸方面派出的中國藍波（李元霸 飾）與白手套等人均認為退出江湖的最佳拍檔是奪劍人，對金剛和光頭佬展開連番追捕。最終兩個老搭檔終于澄清誤會，聯(lián)合飛賊姐弟接受大陸方面的艱苦訓(xùn)練，以期能夠為保護國寶而戰(zhàn)…… 　　本片是《最佳拍檔》系列電影的第五集。