A young woman discovers supernatural abilities while facing personal challenges. As evil emerges, she must accept her powers and destiny in a transforming world. Her journey launches a new superhero saga.

　　尼奧（基努·里維斯 Keanu Reeves 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）重回矩陣：在這里，一個是矩陣創(chuàng)造出來，周而復始的日常世界，另一個則是隱藏其后，真實的人類世界。為了弄清楚自己所處的“現(xiàn)實”究竟是真是假，尼奧不得不再次做出選擇……

　　第二集中，尼奧（基努·里維斯 Keanu Reeves 飾）沒有能從內部摧毀“母體”，他的身體在真實世界的飛船上陷于昏迷，思想?yún)s被困在介于“母體”和真實世界的中間地帶，這個地方由“火車人”控制。墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）等人知道了尼奧的情況，在守護天使的帶領下， 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇，經(jīng)過一番激斗，將尼奧救了出來。
　　此時，電子烏賊部隊對錫安發(fā)起了猛烈的攻擊，人類組織所有機甲戰(zhàn)士展開頑強的抵抗，形勢危在旦夕；尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難，到達機器城市，尼奧終于見到了機器世界的統(tǒng)治者“機器大帝”，雙方談判并達成了協(xié)議：尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯，以換取錫安的和平。
　　在“母體”中，尼奧和史密斯展開了關系人類生死存亡的最后決斗。

　　上一部結尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識到自己的能力和使命，中彈復活后，變成了無所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。
　　此時，“母體”決定先下手為強，派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進入“母體”，尋找“制鑰者”，準備從內部破壞；而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點問題，脫離了“母體”的控制，擁有可怕的復制能力，阻礙尼奧他們的行動。

　　不久的將來，網(wǎng)絡黑客尼奧（基奴李維斯 飾）對這個看似正常的現(xiàn)實世界產(chǎn)生了懷疑。他結識了黑客崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），并見到了黑客組織的首領墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）。墨菲斯告訴他，現(xiàn)實世界其實是由一個名叫“母體”的計算機人工智能系統(tǒng)控制，人們就像他們飼養(yǎng)的動物，沒有自由和思想，而尼奧就是能夠拯救人類的救世主。
　　可是，救贖之路從來都不會一帆風順，到底哪里才是真實的世界？如何才能打敗那些超人一樣的特勤？尼奧是不是人類的希望？這是黑客的帝國，程序和代碼歡迎大家的到來。.

　　在一座仿佛與世隔絕的女子藝術學校內，女孩們無憂無慮享受著斑斕的青春。繪畫教室中，有如君王的美術老師（金子統(tǒng)昭 飾）站在最頂端，而少女們則充滿敵意地死盯著被稱為天才的女孩藍（清野菜名 飾）。藍討厭周遭的一切，她經(jīng)常躲到一間教室內打造著怪模怪樣的機器。她的身心漫步傷痕，卻依舊被無良的學校當作宣傳廣告。少女的欺凌充滿惡意而沒有底線，充滿不祥預兆的地震則一次次突然降臨。
　　不知不覺中，仿佛有什么可怕的事件即將發(fā)生，藍則身處恐怖漩渦的最中央……