堂本一輝是著名的鋼琴演奏家，兩年前突然宣布不再演奏鋼琴轉(zhuǎn)而攻向管風(fēng)琴，更斥資建造了堂本音樂廳，準(zhǔn)備在落成之日舉行演奏會(huì)。然而在演奏會(huì)之前，堂本音樂學(xué)院的學(xué)生相繼死去，先是爆炸案，后是單個(gè)被殺。
　　園子帶著柯南一行人來聽排練，認(rèn)識了女高音歌唱家秋庭憐子，擁有絕對音感的秋庭也開始遭遇到危險(xiǎn)：潤生茶被下藥、作森林浴時(shí)遭遇空氣槍襲擊、試演會(huì)當(dāng)天更遭擊暈。
　　然而就是從這些事件中，柯南找到了推理的邏輯：兇手試圖把秋庭排除在兇殺外。這邊已經(jīng)正式開演的演奏會(huì)渾然不知音樂大廳外已是爆炸連天，小蘭、灰原哀以及演奏廳內(nèi)的一千多人頓時(shí)危在旦夕，絕對音感成為了唯一的救命線索。柯南找到了爆炸的邏輯，要在罪犯引爆最后一個(gè)炸彈前，把他找出來。

　　柯南和小五郎等拉著大隊(duì)，來到位于太平洋中的美麗小島“神海島”渡假。這座島嶼自古已有流傳，大概有關(guān)沉沒于海底的古代遺跡“海底宮殿”，及300年前兩名女海盜遺留下來的寶藏傳說。小蘭和園子不懼流傳，在“海底宮殿”附近潛水時(shí)，意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人，不料其中一人突然遭鯊魚攻擊，不幸身亡！小蘭和園子幸運(yùn)逃難，柯南見那位獵人死狀詭異，與灰原一起展開調(diào)查。
　　柯南認(rèn)為獵人之死，跟寶藏傳說有著莫大關(guān)系，他試圖解開背后原因，“海底宮殿”的謎題一直系繞在他的腦海中。他找到了一組神秘名詞“Jolly Roger(海盜旗)”后，滿以為有所起色，獵人卻突然現(xiàn)身，并偷走了原來發(fā)現(xiàn)的寶藏！小蘭和園子落在獵人的魔掌之中，性命危在旦夕！隱藏于傳說中的訊息是什么？“海底宮殿”有什么秘密？穿越300年時(shí)光的暗號，柯南誓要逐步解開迷題

　　一天毛利小五郎收到一張請?zhí)?，里面是謎樣男子的委托，需要前往橫濱的一個(gè)游樂場。小五郎和柯南一行人快樂地到達(dá)歡樂的游樂場，還帶上了可以出入無阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有帶上手表的人不得離開游樂場，否則便會(huì)發(fā)生爆炸。從現(xiàn)在開始到晚上十點(diǎn)，柯南和小五郎如果不能解開謎題，蘭和少年偵探團(tuán)也會(huì)隨著游樂園粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接稱呼柯南為工藤新一。

　　日本著名造船公司八代商船設(shè)計(jì)制造了旗下第一艘豪華郵輪愛芙羅黛諦號，為慶祝該郵輪的處女航，八代商船邀請各界名流參加，上到首相下到富豪悉數(shù)前來。鈴木園子的父母也接到邀請，因行程安排鈴木夫婦無法出席，園子于是邀請、毛利小五郎、小蘭、柯南等一眾好友同行。藍(lán)天白云，美酒佳肴，眾人無不陶醉于這美好的假期之中。
　　但是，這注定是一次不尋常的航行。先是園子突然遭人綁架，接著八代商船的女社長貴江被人殺害，與此同時(shí)董事長八代延太郎也從船上神秘失蹤。此前不久，貴江的丈夫八代英人駕車時(shí)突發(fā)心臟病沖下山崖。這一連串死亡、失蹤案件似乎都與15年前八代商船的沉船事故有關(guān)。在層層推理調(diào)查之下，隱藏的秘密漸漸浮出水面……

　　知名舞臺劇女演員牧樹里這日收到怪盜基德的預(yù)告信：在26個(gè)字母的盤旋飛舞中，他來拜領(lǐng)無價(jià)的“命運(yùn)的寶石”。毛利小五郎受到牧樹里委托將信件分析，認(rèn)為基德將在演出最后一晚前來盜取寶石，當(dāng)晚他及柯南、小蘭等人來到劇場，那里早有諸多警察守候。
　　令柯南吃驚的是，基德竟扮成工藤新一出現(xiàn)在眾人面前，但他及眾人方向不同的緊張過后，寶石并沒被盜，柯南醒悟字母預(yù)告信與航班相關(guān)。而柯南、小蘭、牧樹里及其同事搭乘的前往北海道的飛機(jī)上，尚有一起殺人計(jì)劃正被精心設(shè)計(jì)。

　　東京、大阪、京都相繼發(fā)生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調(diào)查，發(fā)現(xiàn)死者都是出沒于3地專門偷竊有名的佛像及美術(shù)品的偷盜集團(tuán)“源氏螢”成員。該集團(tuán)共有成員8名，以義經(jīng)的家臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經(jīng)記》，被害5人手中的《義經(jīng)記》均被拿走。
　　這日京都古寺山能寺收到奇怪書信，說若能解開信中所附的畫謎，便能找到8年前被竊的如來佛像?？履稀⑿√m隨毛利小五郎來到該寺，均對畫謎一籌莫展。5名被殺者之一曾對與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也來到京都對案件秘密展開調(diào)查，并借機(jī)找尋自己的初戀情人?？履吓c服部相遇聯(lián)手調(diào)查時(shí)，發(fā)現(xiàn)有人想置服部于死地，緊接“源氏螢”另一成員被害，而這一切，似乎又都與畫謎有關(guān)。

　　這日柯南、小蘭一行人來到米花市市政大廳，一場有關(guān)最新游戲“繭”的發(fā)布會(huì)正在這里召開。由于迥異于以往任何一款游戲的“繭”可能一舉改變?nèi)蛴螒驑I(yè)界的價(jià)值觀，發(fā)布會(huì)吸引了代表日本上流社會(huì)的政治、財(cái)經(jīng)、演藝界人士，50名游戲體驗(yàn)者也多是他們的后代，新一的父親、推理小說大師工藤優(yōu)作由于參與故事編寫，也來到現(xiàn)場。這邊熱熱鬧鬧，游戲的研發(fā)者兼負(fù)責(zé)人堅(jiān)村卻被殺于地下室。堅(jiān)村死前留在鍵盤J、T、R上的血跡令柯南想到答案可能在游戲中，他利用優(yōu)作的關(guān)系加入了體驗(yàn)者隊(duì)伍，小蘭、灰原哀等人也拿到了體驗(yàn)入場券。
　　50名體驗(yàn)者剛分別進(jìn)入一個(gè)外型酷似蠶繭的“大型膠囊”，游戲即被自稱“諾亞方舟”的人工智能控制，“諾亞方舟”稱游戲?qū)⑻峁?個(gè)完全真實(shí)的歷史場景，體驗(yàn)者可選擇其中之一進(jìn)入，被淘汰會(huì)進(jìn)入休眠狀態(tài)，若最后無人走到終點(diǎn)，他們的大腦組織皆會(huì)被摧毀，此舉是為令日本社會(huì)重生。柯南一行及幾個(gè)驕橫無禮的上流社會(huì)公子哥進(jìn)入的是19世紀(jì)倫敦的貝克街，那里殺人犯開膛手杰克正在興風(fēng)作浪，他身上正有柯南要找的答案！而優(yōu)作也在現(xiàn)實(shí)中正對案件展開調(diào)查。

　　柯南在街頭目睹一名正打電話的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊。不久又有警察手拿警察手冊被人射殺于地下車庫。對于這兩起案件，目暮警官等人一反常態(tài)不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進(jìn)一步追問，白鳥警官只答一句“Need not to know”。該話是警察之間所用的密語，意味這兩起殺人事件與警察內(nèi)部人士有關(guān)。
　　柯南、小蘭等人參加白鳥妹妹的婚宴，電突然間停掉，那刻小蘭正與女警佐藤在洗手間。小蘭拿起身邊的手電筒欲照明時(shí)，一顆子彈射進(jìn)佐藤身體，小蘭嚇昏過去。次日小蘭醒來，卻因怪責(zé)自己害佐藤挨槍失去記憶。目暮見事態(tài)越來越嚴(yán)重，將秘密說出，原來死去的兩名警察正與佐藤一起重查一樁有關(guān)醫(yī)生仁野自殺的案件，該案涉及到警察局長的公子。將局長公子假定為嫌疑人之一時(shí)，柯南亦想到佐藤被射殺后宴會(huì)上少掉的兩個(gè)人。

　　小蘭的朋友原子家鈴木財(cái)團(tuán)準(zhǔn)備展出他們家珍藏的沙皇尼古拉二世家的寶物——回憶之卵，回憶之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍貴照片，由此特別珍貴。豈料在展出之前，卻收到了怪盜基德的通知函，上面用迷語的方式列明他盜寶的時(shí)間。原子找到小蘭的爸爸名偵探毛利小五郎幫忙，當(dāng)然，真正的幕后高手柯南也會(huì)和小蘭一起前來?？履嫌龅搅送瑸閭商降姆科酱危瑑扇藳Q定一起聯(lián)手解開怪盜基德之謎！

　　目暮警官、小蘭的母親妃英里、阿笠博士接連遭到不明身份之人的暗算?？履献粉檪ΠⅢ也┦康膬词郑鶕?jù)幾起案件現(xiàn)場留下的線索發(fā)現(xiàn)兇手按照撲克牌的順序行兇，而且遇害者皆與毛利小五郎有關(guān)。目暮提供的線索初步揭開事情的真相，原來毛利當(dāng)年任職警察的時(shí)候曾經(jīng)逮捕犯下殺人罪的賭徒村上丈，當(dāng)年也更因這一事件導(dǎo)致毛利離職以及婚姻變故。
　　十年后，服刑期滿的村上丈出獄，開始按照撲克牌的順序向毛利身邊之人展開報(bào)復(fù)。在得知原委后，毛利努力尋找身邊與數(shù)字有關(guān)的人。在這一過程中，各種驚險(xiǎn)場面接連出現(xiàn)。而柯南也對案件的真相產(chǎn)生疑惑……

　　知名建筑設(shè)計(jì)師森谷帝二這日邀請新一參加在他府上舉辦的茶會(huì)，柯南只得電話拜托小蘭?？履稀⑿√m及毛利小五郎三人未入森府，已被絕對對稱的宏偉建筑吸引。衣香鬢影的茶會(huì)上，森谷帝二令人詫異地大聲攻擊年輕設(shè)計(jì)師，講建筑的美學(xué)準(zhǔn)則要被他們破壞殆盡?？履显谝?guī)定時(shí)間內(nèi)將他出給眾賓客的難題破解，被獲準(zhǔn)和小蘭一起參觀陳有他設(shè)計(jì)圖的展覽館，交談中，他感慨30多歲初成名時(shí)的作品不夠?qū)ΨQ稱不上完美，并從小蘭口中打探到她要與新一在米花大樓約會(huì)為新一慶生的諸多細(xì)節(jié)。
　　不久，柯南連接數(shù)通向新一挑戰(zhàn)的電話，對方均告知他已在某地放置會(huì)在某時(shí)爆炸的炸彈，柯南將危機(jī)一一化解后，開始與警方、毛利一起分析到底是何人所為。電視報(bào)道其中最為轟動(dòng)的爆炸案時(shí)，柯南由畫面聯(lián)想到所有炸彈放置的地點(diǎn)附近均有森谷帝二自認(rèn)不完美的作品，心中一驚。眾人拜訪森谷帝二時(shí)，柯南暗中將他的宅邸查看，找出兇犯正是他的證據(jù)，原來他是狂熱的完美主義者，想親手毀掉年輕時(shí)因妥協(xié)設(shè)計(jì)出的不絕對對稱作品，并借機(jī)報(bào)復(fù)沒令他的宏偉設(shè)計(jì)夙愿在西多摩市達(dá)成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大樓亦是他不完美的作品，小蘭正在那里等新一赴約。