セラフィム指揮官ライアー等人用空間跳躍的方式將宇宙站ウォッチャーズ ネスト的居住區(qū)整個(gè)轉(zhuǎn)送到了地球圈，卻發(fā)現(xiàn)地球被一層時(shí)間屏障覆蓋。為了查明真相，ライアー決定沖進(jìn)時(shí)間屏障，卻進(jìn)入了另一個(gè)時(shí)間軸……

　　本作講述從小就被詛咒「只要碰觸到東西就全都會(huì)死亡」的貴族少爺，以及唯一愿意陪伴且不時(shí)性騷擾他的女仆愛麗絲，兩人雖兩情相悅卻不能觸碰彼此的戀愛故事。

　　紅葉みさき等四名少女是特殊部隊(duì)“セラフィム”的候補(bǔ)生，為了成為正式成員而在ウォッチャーズ ネスト聞雞起舞。但是她們并不知道，真正的敵人異型生命體“グール”有多么可怕……

　　透が紫呉の家に住み始めてから一年が経とうとしていた。
　　由希と夾だけでなく草摩家の皆とも交流を深めてきたが、
　　今も気になるのは忌まわしき『呪い』の正體。
　　進(jìn)むべき道、決められた宿命、
　　終わりなき――十二支の――宴を前にして
　　由希は、夾は、そして透は何を想い、何を決意するのだろうか……。

　　一天，工藤大器偶然聽到了神秘聲音的呼喚，與朋友們一起來到了數(shù)碼世界，在那里認(rèn)識(shí)了眾多的數(shù)碼獸同伴并且成為指揮官建立“Xros Heart”團(tuán)隊(duì)。意想不到的是，在數(shù)碼世界中除了他們外竟然還有別的人類在數(shù)碼世界中活躍著……然而，為了防止邪惡的巴古拉軍企圖稱霸數(shù)碼世界，他們將要努力地收集水晶（Code Crown）來保護(hù)各個(gè)領(lǐng)域（Zone），擔(dān)負(fù)起拯救數(shù)碼世界的命運(yùn)。
　　被巴古拉獸擊回到人類世界的工藤大器和高吼獸，經(jīng)過東京大決戰(zhàn)留在人類世界一天后，相對(duì)地?cái)?shù)碼世界已經(jīng)過了好幾個(gè)月的時(shí)間，并落入了巴古拉軍支配下的地獄世界，分裂為七個(gè)國家（Land），由七名巴古拉軍手下的死亡指揮官所統(tǒng)治，而這七名死亡指揮官就是本篇章的主要敵人。為了讓數(shù)碼世界再次得到和平，工藤大器和高吼獸決定再次回到危機(jī)四伏的數(shù)碼世界中。此外，本篇章亦出現(xiàn)全新力量“超進(jìn)化”。
　　與巴古拉獸的最終決戰(zhàn)已經(jīng)過去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入讀大器所讀的中學(xué)，并與大器組成“Xros Heart”的籃球隊(duì)，過著悠閑的生活，而隊(duì)伍中還有一名尊敬著大器學(xué)長的成員-明石激。一天，明石激被卷入了“數(shù)碼晶界”所發(fā)生的異變之中。

　　2020年，網(wǎng)絡(luò)對(duì)于如今人們的生活而言已經(jīng)是不可或缺的一部分。但是，人類所不知道的是，在網(wǎng)絡(luò)的另一面有著一個(gè)無限的世界——數(shù)碼世界，以及居住在其中的數(shù)碼獸……以首都圈為中心發(fā)生了大規(guī)模網(wǎng)絡(luò)故障，亂閃的信號(hào)燈、亂碼的室外屏幕……新聞上報(bào)道是網(wǎng)絡(luò)恐怖襲擊。故事的主人公是住在東京近郊高層公寓的小學(xué)五年級(jí)生八神太一。為了準(zhǔn)備周末的夏令營而一個(gè)人留在家中，去澀谷的母親和妹妹八神光乘上了一輛無法停止的電車。為了救母親和妹妹，太一急忙趕往澀谷，當(dāng)他前往車站月臺(tái)的瞬間發(fā)生了不可思議的現(xiàn)象，太一去了數(shù)碼世界！孩子們與搭檔數(shù)碼獸相遇，一同面對(duì)未知的“冒險(xiǎn)”！

　　大門大意外地遇到了亞古獸，兩人見面就大打出手，亞古獸戰(zhàn)敗后稱大門大
　　為大哥，但是數(shù)碼特搜部隊(duì)（DATS）不容許未受其隊(duì)員管理的數(shù)碼獸留存在這個(gè)世界上，必需送回?cái)?shù)碼世界，而后湯島告訴大若加入DATS他就可以跟數(shù)碼世界的強(qiáng)敵戰(zhàn)斗，大因此加入DATS，與淑乃及托瑪組成小組，一同解決數(shù)碼事件。
　　托瑪發(fā)現(xiàn)日本的數(shù)碼事件頻率增加并非偶然，因此請(qǐng)假回到歐洲調(diào)查，發(fā)現(xiàn)根源來自于人類的七宗罪。而比丘獸的事情讓大他們知道了其幕后黑手是究極體數(shù)碼獸——墨丘利獸搞的鬼，也因此決定動(dòng)身前往數(shù)碼世界。而在數(shù)碼世界，他們見到了一個(gè)人類小孩——郁人，他自稱數(shù)碼獸，對(duì)人類懷有怨恨。
　　歷經(jīng)艱難以后和湯島老人會(huì)合并見到了墨丘利獸，墨丘利獸指責(zé)人類沒有遵守約定，嚴(yán)重干擾了數(shù)碼世界的秩序，對(duì)數(shù)碼獸實(shí)施殘酷的殺戮，然而湯島卻一再強(qiáng)調(diào)人類什么事情都沒有做。最后談判破裂，湯島一面努力制造混亂局面，一面把大一行人送回了人類世界
　　，自己卻留在了數(shù)碼世界?；氐饺祟愂澜绲拇蠹覜Q定去見見郁人的父母。
　　在見到郁人的父母后，郁人拒絕承認(rèn)自己人類的身份，在大的開導(dǎo)下，他才準(zhǔn)備融入這個(gè)家庭，并希望回到數(shù)碼世界，跟墨丘利獸告別。然而等待他們的，卻是墨丘利獸的死亡，而殺死它的，就是曾經(jīng)和大的父親，郁人的父母以及湯島、薩摩一同前往過數(shù)碼世界的倉田。最后，大門大為DATS中唯一一位留在數(shù)碼世界者

　　圣（石川由依 配音）是有些沉迷于工作的20歲OL，一天，加班結(jié)束后的她在誤打誤撞之中被傳送到了異世界，成為了那里的圣女。和圣一起被傳送過來的，還有其他人，在感到被冷落之后，圣決定暫時(shí)放下圣女的職責(zé)，跑出了王宮，開始了隨心所欲的生活。
　　圣非常喜歡植物，憑借著這份熱愛，圣隱瞞了自己的身份，來到了藥用植物研究所工作，并且在這里遇見了善良的所長約翰（江口拓也 配音）和導(dǎo)師裘德（八代拓 配音），在兩人的幫助之下，圣的工作逐漸步入了正軌。受到圣身上圣女力量的影響，圣所制作出的所有藥水都擁有了50%的增益，這使得圣在當(dāng)?shù)貪u漸樹立了口碑，獲得了信賴。

　　2002年，數(shù)碼世界面臨滅亡的危機(jī)！數(shù)碼世界本是由究極天使獸、基路比獸及神圣天女獸三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比獸卻叛變，這使得數(shù)碼世界的平衡受到破壞，并開始崩潰……
　　古代曾經(jīng)拯救數(shù)碼暴龍世界的十斗士現(xiàn)在已不存在。就在這危急關(guān)頭，十斗士的斗士精神把新力量給予了另一個(gè)世界——現(xiàn)實(shí)世界的孩子……
　　主角拓也等人，將進(jìn)入數(shù)碼世界，變身成數(shù)碼暴龍，投入這場冒險(xiǎn)與戰(zhàn)斗的旅程！

　　半決賽?大洗女子學(xué)園 VS 繼續(xù)高中的激烈賽事展開！
　　然而大洗女子學(xué)園在賽事一開始便失去鮟鱇隊(duì)這張王牌，陷入前所未有的困境。面對(duì)步步進(jìn)逼的繼續(xù)高中，余下成員能否扭轉(zhuǎn)局勢??？
　　另一方面，黑森峰女子學(xué)園 VS 圣葛羅莉安娜女子學(xué)院的對(duì)決亦愈演愈烈！
　　黑森峰的隊(duì)長?逸見艾麗卡，將以自己獨(dú)特的戰(zhàn)車道，迎戰(zhàn)勁敵圣葛羅的隊(duì)長?大吉嶺！
　　一秒都不能錯(cuò)過的兩場賽事，到底誰可得到?jīng)Q賽的入場券??？

　　勝出與BC自由學(xué)園對(duì)決的首戰(zhàn)后，大洗女子學(xué)園戰(zhàn)車道部進(jìn)入冬季大會(huì)「無限軌道杯」的第二輪比賽。面對(duì)以「突擊」戰(zhàn)法來勢洶洶的知波單學(xué)園，大洗女子學(xué)園迎來苦戰(zhàn)！叢林加夜戰(zhàn)，被逼到絕境的美穗等人會(huì)有扭轉(zhuǎn)局面的對(duì)策嗎？
　　與此同時(shí)，亦不能錯(cuò)過其他學(xué)校的對(duì)決！黑森峰女子學(xué)園VS真理學(xué)園、圣葛羅莉安娜女子學(xué)院VS安齊奧高中，這兩場對(duì)決的結(jié)果同樣無法預(yù)料！
　　逐漸白熱化的無限軌道杯，獲得勝利的會(huì)是誰！？