自清雍正以來，樂家老店同仁堂被欽定為“御藥供奉”，至樂家第八代已聲名大震。病家聞名紛紛求藥，而日本浪人小野勾結(jié)在樂家長(zhǎng)大的曹化倫，蓄謀奪走密方藥譜。
曹化倫盜方被老東家樂宏達(dá)撞見，行兇縱火，燒毀樂家細(xì)料藥庫；又勾結(jié)御藥房白太監(jiān)扣押御藥銀子，竟使老店雪上加霜，無錢制藥，無藥可售。王爺誤以為樂家“拿搪”，一怒下令撤銷樂家御藥供奉，另行招標(biāo)。面對(duì)內(nèi)外交困，樂宏達(dá)老人為保住二百年老字號(hào)，毅然隔代傳印，將堂印傳給孫子樂宏達(dá)。
樂宏達(dá)臨危受命，在妻子徐瑞珍幫助下，以海底撈月之功，奪回御藥供奉。并得到光緒皇帝的賜匾。曹化倫又慫恿王爺，下令老店不得在民間售藥，只供宮廷。樂宏達(dá)體味到“進(jìn)則為良相，退則為良醫(yī)”，“進(jìn)而濟(jì)世，退而濟(jì)民”，“抗旨”賣藥。樂宏達(dá)力助孫子，利用大總管李蓮英的病情，一藥回天。西太后終于開禁。
流落北京被樂家收留的女伶叢玉珠，暗戀樂宏達(dá)，然而為營(yíng)救樂宏達(dá)出獄，舍身將自己嫁給曹化倫。
甲午戰(zhàn)爭(zhēng)，清軍赴朝鮮抗敵。樂宏達(dá)趕造出十萬包“諸葛行軍散”，贈(zèng)送將士，卻被藥材商人借機(jī)抬價(jià)，欠下巨款。年關(guān)債主逼債，樂宏達(dá)借貸無門，憤而變賣祖宅。藥材商人得知贈(zèng)藥原因，慨然放棄債權(quán)。老店又一次絕處逢生。
丫頭蘭香之父胡七死里逃生，被誣追捕。樂家掩護(hù)胡七，卻被曹化倫出賣。樂宏達(dá)將蘭香收為義孫女。在徐瑞珍的撮合下，蘭香與樂宏達(dá)喜結(jié)良緣。
八國(guó)聯(lián)軍炮轟大柵欄，老店店堂化于一炬。樂宏達(dá)命樂宏達(dá)、徐瑞珍陪同懷有身孕的蘭香逃出京城，為樂家留下后代。小野率日本兵闖入樂家搜取密方，樂宏達(dá)〈應(yīng)該是樂闊海〉以毒酒相酬，與之同歸于盡。
樂宏達(dá)潛回京城，痛不欲生。他找到了爺爺珍藏的秘方藥譜，將其藏入樂宏達(dá)的棺材。曹化倫有疑，趁夜開棺，徐瑞珍和義伶響九霄設(shè)計(jì)將曹嚇?biāo)馈?br/> 老店在廢墟上重張，樂宏達(dá)卻因飽受摧殘離別人世。彌留之際，正值他的兒子樂同仁滿歲“抓周”。在滿桌的官帽、元寶、筆墨、綢緞之間，小同仁卻抓起了《同仁堂藥典》……
