地球上大批兒童的下落不明，引起了社會的極度恐慌，相關(guān)組織積極展開調(diào)查卻一無所獲，就在眾人一籌莫展之際，神秘組織“天安基金會”出現(xiàn)，派出馬天馬與李昂秘密調(diào)查此事。兩人雖成功破獲了多起兒童失蹤案，保護了社會安寧，但令二人沒想到的是，這僅僅是外星生物組織“安妮會”邪惡計劃的第一步。打開異次元蟲洞，召喚出強大的外星生物“瓦蘇恩”，并協(xié)助“瓦蘇恩”攻占地球，才是他們的最終目的。為了摧毀外星物種的侵略計劃，馬天馬決定深入敵方老巢——“魔方城”。與大多以“打開未知世界探索秘密”為主線的科幻影片不同，《獵殺外星人》在現(xiàn)實世界與幻境之中勇于面對種種“不美好”，敢于揭露陰暗之欲。影片將故事背景設(shè)定在了千萬年后的未來世界，光陰流轉(zhuǎn)，時代更迭，可即便是在遙遠的未來，人性未變，黑暗猶在，欲望更深。隱藏于地球的外星生物組織“安妮會”是對黑暗勢力企圖摧毀世界的貪念的披露，以“兒童失蹤案”為故事導(dǎo)火索則影射了社會尚存險惡，告誡眾人應(yīng)提高危機意識，心存善念，共同維護社會的和諧安定。