這是一個跨越千年的故事。以表演人偶為生的青年國崎往人（小野大輔 配音）行走到了一個海邊的小鎮(zhèn)。四處游走的往人一直在尋找著“空中的少女”，這是往人的母親逝世前曾一直對他說的話。原來流傳著這樣一個故事。有著翅膀的女孩被視為不幸的象征，終日被關(guān)在不見光的房間里，直到遇到那個命定的少年。二人就這樣相愛了，但這戀情是不被允許的。于是女孩受到詛咒，陷入了輪回之中。往人在小鎮(zhèn)里邂逅了少女神尾觀鈴（川上倫子 配音）。體弱多病的觀鈴和傳說中的女孩極其相似。而他們的相遇如同千年前的那個傳說，輪回的齒輪又開始了不休的運(yùn)作……
　　本片根據(jù)Key社著名的同名游戲改編，還有同名劇場版動畫。

　　新世紀(jì)之初不久某年的夏天，為了與父親生活，逢澤步來到了距東京2小時火車車程的小鎮(zhèn)。
　　步是不去上學(xué)的中學(xué)生。原因不明。似乎和什么樣的理由都沾一點(diǎn)邊，但又不是那種理由。覺得無論走到哪、無論做什么都無聊的步，來和父親度過一個夏天，是因為母親出的主意。雙親在他還小的時候離婚了，他和父親也4年沒有見面了。步并非積極地響應(yīng)母親的提案。對毫無朝氣的步，媽媽提出要以買個山地自行車為交換條件，讓他去和父親見面。既然話都這么說了，步也不得不打起點(diǎn)精神。
　　這樣步終于到了那個小鎮(zhèn)。母親說步小時曾來過一次，但他一點(diǎn)印象也沒有。田菜——在圍繞著廣闊的水田的山的斜面的，似乎被農(nóng)家釘子一樣點(diǎn)綴著的小盆地。在看見這景象的瞬間，步就后悔來到這里了。因為無論從什么角度怎么看都是不變的田舍，實(shí)在是寒酸得要死。
　　然而，這么想可就大錯特錯了....

1614年，德川家康73歲，年邁的他為了第三代將軍繼承人人選的問題而煩惱。難以決斷的德川家康將決定的權(quán)利交給當(dāng)時勢均力敵的兩大忍術(shù)宗家，它們分別是甲賀流和伊賀流。在前人服部半藏的調(diào)解下，曾經(jīng)水火不容的兩家簽下了“不戰(zhàn)條約”，但在權(quán)利和政治的挑撥之下，條約被撕毀了 。                                    
                               　　兩家各派出十名忍者，他們要相互殘殺直至僅剩一方幸存，而幸存方所支持的對象即可成為下一代將軍。其中，甲賀流的頭領(lǐng)甲賀玄之介（鳥海浩輔 配音）與伊賀流的頭領(lǐng)朧（水樹奈奈 配音）在戰(zhàn)前曾經(jīng)是兩情相悅的戀人，與此同時，甲賀流與伊賀流的一些成員之間也有著復(fù)雜的感情糾葛。但是此時此刻，仿佛被絲線牽引的人偶，他們必須摒棄所有的感情，展開一場血腥殘酷的廝殺。

　　美術(shù)大學(xué)五人組的故事仍在繼續(xù)。竹本（神谷浩史 配音）結(jié)束了尋找自我的單車之旅，在盛放煙火的晚上對阿久（工藤晴香 配音）說出了那句“我喜歡你?！鄙教铮ǜ邩蛎兰炎?配音）依舊陷在單戀真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宮（濱田賢二 配音）的出現(xiàn)成了泥沼里一株逃脫的稻草；真山則繼續(xù)追尋著理花（大原沙耶香 配音），勝利的曙光在不遠(yuǎn)處；森田（上田佑司 配音）和阿久，兩個天才的兮兮相惜，能否換來最后的相守。
　　時間在四季輪回中流逝，微小的變化一點(diǎn)點(diǎn)積攢成為不可忽視的轉(zhuǎn)折點(diǎn)。五人都面臨著新的人生，各奔東西。已逝去的奇跡般的歲月，并不會消失，而成為永久的回憶，在內(nèi)心轉(zhuǎn)動。改編自同名漫畫的《蜂蜜與四葉草》故事也走向終點(diǎn)，但對于他們，這則是新的起點(diǎn)。

　　美術(shù)大學(xué)學(xué)生竹本和學(xué)長真山以及多次留級的森田一起生活在單身公寓里，大家的生活風(fēng)清云淡卻也樂趣無窮。
　　他們的老師花本先生向三人介紹了自己表兄的女兒，阿久。外表幼小的阿久有著驚人的藝術(shù)表現(xiàn)力，竹本和森田都不覺得對她一見鐘情。難以言表的愛情、友情在三人之間漸漸彌漫。
　　另一方面，真山愛上了花本老師的朋友理花小姐，而理花卻深陷對逝世丈夫的懷念，難以自拔。和真山青梅竹馬的山田，在堅強(qiáng)爽朗的個性下卻常常因為對真山的單戀而獨(dú)自落淚。
　　那個夏季，空氣里彌漫著甜蜜也氤氳著苦澀，四葉草在風(fēng)中搖曳，等待幸福的孩子們采摘。

　　“蟲”既不是動物，也不是微生物，而是一種自然界中無處不在的力量，擁有獨(dú)特的生命形態(tài)，偶爾和人類生命產(chǎn)生交匯，便生出一些奇妙的故事。但人們即使得知了“蟲”的存在，大部分時候也不知如何應(yīng)對，這便需要“蟲師”出馬。
　　銀古就是一位蟲師，他一頭銀發(fā)，年紀(jì)尚輕，但已經(jīng)半生游歷，經(jīng)過一個個山野、村莊，為人們解決“蟲”的問題，通過和被“蟲”困擾的人們接近，他也接近了許多故事。銀古的游歷像風(fēng)一樣，再驚心動魄的“蟲”似乎都融化在水墨樣的山巒疊嶂間，蕓蕓眾生也是過眼云煙，淡淡的故事里沒有哀傷只有靜穆。

　　伸惠是短期大學(xué)的女大學(xué)生，妹妹千佳是普通的小學(xué)生。但這平凡的日子卻總是充滿麻煩，問題就在于千佳的同班同學(xué)，鄰居美羽是個不折不扣的麻煩制造大王。經(jīng)常從窗戶跳入千佳房間的美羽，儼然成了這個家的一員。
　　千佳的好友茉莉是一個膽小又可愛的女孩，一天，她的班上轉(zhuǎn)來一位名叫安娜的外國女生。實(shí)際上，安娜是一個內(nèi)心完全日化的女孩，而這個秘密被茉莉不小心發(fā)現(xiàn)了。
　　五位女子最終聚集在了同一個屋檐下。冷笑話不斷的同時，美羽的搞怪又讓人哭笑不得。歡樂愜意的生活喜劇就此拉開序幕。

故事敘述了娜娜做家務(wù)做不好，到她厭煩做家務(wù)事，中間發(fā)生了一些事，從這些事情后，讓她改變了對家務(wù)事的看法，同時也改變了對妮悠的看法。穿插講述了Lucy和繪畫少女的故事，讓Lucy如何被抓以及壞掉的原因得以真相大白。                        

露西生來就與常人有異，她頭上長著兩個犄角，生有四只隱形的手，體內(nèi)蘊(yùn)藏著巨大的力量，人們管她這樣的孩子叫作異種人。從小就被人拋棄排擠的露西一直非常孤獨(dú)，直到她遇到浩太才渡過了非常愉快的幾天。然而隨著體內(nèi)載體的呼喚，她漸漸還是顯露出殺人魔的本性，并被研究所拘捕監(jiān)禁。                                    
                               　　八年后，露西從研究所里逃出來，卻由于腦部重創(chuàng)失憶，成為“白癡少女”。此時的浩太也由于兒時的重大打擊選擇性失憶，兩人再次相遇，浩太把露西當(dāng)作陌生人收留下來。穿插著兩人斷斷續(xù)續(xù)的回憶，故事漸漸走向了兩個極端。                        

　　魔、無頭騎士、雪女、以及吸血鬼——。與我們?nèi)祟惵杂胁煌?，他們就是“亞人”。在最近則是被稱作Demi。
　　這些有個性的“亞人”們，與對她們懷有深厚興趣的高中教師·高橋鐵男所展開的，稍有些刺激的心動學(xué)園亞人喜??！

　　發(fā)生在21世紀(jì)初，秋天的內(nèi)浜地區(qū)。 內(nèi)浜學(xué)園迎來歷屆最高潮的盛況。以執(zhí)行部為中心舉辦的各文化學(xué)會最大的展示場地?綜合學(xué)會。 那將是與新校舍建立的同時，決定廢棄的舊校舍所舉行最后狂歡節(jié)日。當(dāng)然，將由各文化會的會長們帶領(lǐng)學(xué)生總動員，傾盡全力將這次最后的文化祭導(dǎo)向成功。